인간이 석문도법의 이치를 실질적으로 구현할 수 있게끔 체계화시킨 수행법이 석문호흡이다. 석문호흡은 정기신 삼수법精氣神 三修法으로서 하단전의 중심인 석문을 통해 고차원의 진기를 생성, 운용하여 정기신력을 일깨우는 수련이다. 석문의 태극조화작용으로 하단전 여의주인 정주에 내재된 조화력을 일으켜 몸과 마음, 정신을 정화ㆍ순화ㆍ승화하고 조화ㆍ상생ㆍ상합시킴으로써 정기신의 조화와 안정을 이루게 한다. 나아가 하늘의 도광신력을 받음으로써 하늘이 사람이 되는 천즉인의 이치를 역으로 거슬러 올라가 자신의 근본자리를 찾고 신인합일을 이룩하여 인즉천의 경지에 오르게 한다.

천지간의 모든 만물이 호흡을 통해 교감하고 교류하듯, 자신의 근본자리를 찾는 실질적인 핵심은 호흡에 있다. 호흡은 크게 조식調息과 조식造息으로 나눌 수 있다. 조식調息은 종래 선가에서 통용되어 온 가늘고, 길고, 깊게 하는 호흡법으로, 부드럽고 일정하며 자연스럽게 하는 호흡을 말한다. 조식造息은 수도자의 몸과 마음, 정신이 조화와 균형을 이루어 영적 각성을 도모하게 한다.

그러나 수도의 목적이 하늘에 올라 자신의 근본자리를 찾는 것이라면, 조식調息 만으로는 한계가 있다. 조식調息을 바탕으로 하되, 영적 각성의 차원을 넘어 빛의 본질적 상승과 확장을 이루는 조식造息을 해야 그 목적을 이룰 수 있다. 조식造息은 석문을 열어 조화주인 여의주를 찾고, 여의주가 지닌 창조력을 일으키는 호흡이다. 석문호흡은 조식調息을 바탕으로 하지만 그에 머무르지 않고 한 차원 더 나아간 조식造息이다. 음(기해)과 양(관원)의 조화를 추구하는 태극(석문)에 변화를 이루게 하여 인간의 내면에 조화의 기운을 일으킨다. 정을 기로, 기를 신으로 승화시켜 우주의 기운과 교류하게 함으로써 궁극적으로는 태초의 기운과 합일시킨다.

이렇게 태초의 기운과 합일이 되면 영육이 분리되고 지금까지 반복적으로 살아온 수많은 영들의 과정을 역으로 거치면서 근본의 자리인 신에 도달하게 된다. 이러한 과정을 거치게 되면, 자신이 근원적으로 어디에서 탄생하여 어떻게 왔으며 또한 어디로 가게 되는지를 확연히 알게 된다.